О Михаиле Михайловиче Кожове говорят как о человеке, опередившим время. Ведущий научный интерес Михаила Михайловича был постоянен и связывался с осмыслением происхождения животного и растительного мира Байкала. К решению данной задачи он подходил комплексно, привлекая к рассмотрению проблемы климатологию, географию, геотектонику, не оставляя при этом и вопросы происхождения самого озера.

Задолго до возникновения современной системной экологии из-под пера Михаила Михайловича выходит книга, причем написанная в труднейшие годы Великой Отечественной войны: «Животный мир озера Байкал». В ней четко просматривается осознание потребности формирования байкаловедения как отдельного научного направления, при этом подчеркивается, что изучать Байкал можно только как цельный природный комплекс, как единую сложную систему. Более того, когда никто еще не знал таких понятий как «экологический мониторинг», Михаил Михайлович и его коллеги организовали систему постоянного наблюдения за состоянием экосистемы Байкала. Как уже отмечалось,  М. М. Кожов был одним из создателей биологической станции в Больших Котах.

И именно в районе биостанции, с 1946 года начинают круглогодично забираться, с определенных глубин, пробы воды на анализ. И, в придачу, ежегодно организуются кругобайкальские экспедиции с целью отбора планктона в 69 фиксированных местах. Реализуемая М. М. Кожовым система изучения озера Байкал не имела себе равных ни в 1940-е годы, ни тогда, когда уже была оформлена система слежения за состоянием сообщества озер Мичиган, Киннерет, Констанц и примерно 50-ти других.

В «Очерках по Байкаловедению» М.М. Кожова, в разделе «Биология Байкала» изложены данные о многообразии фауны и флоры озера Байкал. В частности, отмечается, что На территории Прибайкалья произрастает  более 2800 видов растений, 78 видов млекопитающих, около 380 видов птиц 12 видов земноводных и пресмыкающихся, отмечено 5000 видов насекомых.

В Байкале открыто  не менее 1500 видов и разновидностей растений. Среди животных  озера не менее 3000 видов и подвидов беспозвоночных, 56 видов и подвидов рыб, 2 вида млекопитающих. 30% крупных донных водорослей и 65% животных, населяющих Байкал – эндемики.

Биологическое разнообразие Байкала – основное условие сохранения устойчивости экосистемы озера.

Исследования М.М.Кожова были посвящены не только климатологии, географии, геотектоники озера, но и вопросам, связанным с влиянием промышленной деятельности человека на состояние Байкала.

В 1950 году было начато строительство Иркутский ГЭС на реке Ангаре. Михаил Михайлович в своей работе «О биологических последствиях колебаний уровня Байкала» отмечал, что «с постройкой Иркутской ГЭС Байкал практически начал играть роль водохранилища,  посредством которого предполагается регулировать поступление воды, необходимой для нормальной работы гидростанции. Такое регулирование может осуществляться лишь в результате изменений уровня вод озера».

Михаил Михайлович убедительно обосновал  вывод о том, что при использовании Байкала в энергетических целях, нельзя допускать понижение его уровня ниже минимальной естественной отметки в 455м, а амплитуда многолетних колебаний уровня озера не должна превышать 2м.

В условиях зарегулированного стока и искусственного понижения или повышения уровня за пределы естественных колебаний,  можно будет ожидать некоторое ухудшение условий жизни в прибрежной зоне:  обмеление нерестовых рек, как следствие  - ухудшении захода омуля на икрометание. Проводя наблюдения за подобными процессами, Михаил Михайлович отмечал резко отрицательное влияние понижения уровня Байкала, которое приводило к  обнажению  значительных участков дна, уменьшению площади нерестилищ, сокращению нагульных районов для молоди всех рыб.

Михаил Михайлович совместно с другими известными учеными, писателями, журналистами, общественными деятелями резко отрицательно выступал против сооружения прорези в истоке реки Ангары. Данный проект был разработан главным инженером сектора Ангары  Московского отделения института «Гидроэнергопроект» Н.А. Григоровичем. Н. А. Григорович предлагал заложить в истоке Ангары и единовременно но взорвать 30 тысяч тонн аммонита. В результате этого эффектного взрыва, по расчетам автора проекта, образуется расщелина глубиной в 25 метров по которой хлынут в Ангару 120 кубических километров воды из вековых запасов Байкала. В результате увеличится  выработка  электроэнергии на Иркутской  и  Братской электростанциях  на 32 миллиарда киловатт-часа. 

В Литературной газете  21  октября 1958 г.  было опубликовано открытое письмо «В защиту Байкала»,  в котором приводились научные доказательства  катастрофических последствий данного проекта. Письмо подписали  13 человек, среди которых, кроме М.М. Кожова,  были: А. Бочкин – депутат Верховного Совета РСФСР,  начальник строительства Иркутской ГЭС, Г. Галазий  - директор  Байкальской лимнологической станции Академии наук СССР, А. Гайдай – журналист, Г. Кунгуров – писатель и др.

Таким образом, проект Григоровича не нашел поддержки и не был осуществлен. Однако промышленное использование Байкала продолжалось.

В 1966г. был построен ЦБК (целлюлозно – бумажный комбинат) – промышленное предприятие, расположенное в г. Байкальске Слюдянского района Иркутской области, на юге восточного берега озера Байкал.

Байкальский ЦБК,  по крайней мере,  до 2007 года являлся основным загрязнителем вод озера Байкал. По данным Евгения Шварца, директора по природоохранной политике Всемирного фонда дикой природы России, ссылавшегося на государственный доклад «О состоянии озера Байкал и мерах по его охране в 2008 г.», объём сбросов предприятия в 2008 году составил 27,53 млн тонн, а с 1999 по 2007 годы, когда комбинат работал на полную мощность, — в пределах 36,8—48,2 млн т ежегодно. По данным природоохранной организации «Гринпис», в 2010 году Байкальский ЦБК сбросил в озеро 12,5 млн м³ недостаточно очищенных сточных вод, в 2011 году — 26,5 млн м³. В ходе погружения глубоководных аппаратов «Мир» в июле 2010 года в месте выхода сточных труб комбината на глубине 33 метров были обнаружены опасные соединения хлора.

Строительство Байкальского ЦБК вызвало в советское время протесты многих учёных и общественных деятелей. Благодаря исследованиям Михаила Михайловича Кожова  и его коллег  и соратников было доказано негативное влияние БЦБК на экосистему озера Байкал. Результаты наблюдений и исследований ученый публиковал в научных статьях, например, таких как:

- «К вопросу о возможных последствиях загрязнений вод озера Байкал промстоками целлюлозной промышленности» (материалы 1 съезда всесоюзного гидробиологического общества)

 -  «К вопросу о влиянии промстоков Байкальского целлюлозного завода на фауну и флору Байкала в районе их сброса» 

- «О современном состоянии фауны и флоры Байкала в районе сброса промышленных стоков Байкальским целлюлозным заводом (район Утулик – Мурина).  В данной работе М.М. Кожов констатирует, что «загрязнения в районе ЦБК становятся значительными с 1968 года, когда завод начал работать на полную мощность. Эти загрязнения будут распространяться в соседние области благодаря постоянным течениям, нагонно – сгонным явлениям и вертикальной циркуляции вод. В результате будет происходить смена фауны и флоры, эндемики Байкала будут вытесняться неприхотливыми обитателями обычных водоемов. Сброс неочищенных вод приведет  к нарушению жизни Байкала и к исчезновению  тех особенностей, которые резко выделяют его среди других Великих озер мира».

 В 2013 году БЦБК полностью прекратил свою деятельность, но решение экологических проблем, созданных работой Байкальского целлюлозно-бумажного комбината, продолжается.

Деятельность М.М. Кожова в защиту Байкала имела не только научное, но и культурное, воспитательное значение. В 1969 году на экраны выходит кинолента под названием «У озера» знаменитого режиссера Сергея Аполлинариевича Герасимова. Этот фильм стал одним из первых, поднимающих экологические проблемы вообще и Байкала в частности. Прототипом главного героя фильма профессора Александра Александровича Бармина являлся Михаил Михайлович Кожов, так как именно он отважно высказывался в защиту Байкала, протестуя против реальной возможности загрязнения вод в связи со строительством на самом берегу озера промышленного объекта.

В 1996 году озеро Байкал внесено в список Всемирного наследия ЮНЕСКО, что очень важно для сохранения первозданности озера. И мы понимаем, что огромная заслуга в этом принадлежит Михаилу Михайловичу Кожову, так как именно он одним из первых начал деятельность в защиту великого озера.